1976 yılında doğan Murat Çetinkaya, Boğaziçi Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü ve çift anadal programı kapsamında aynı Üniversitenin Fen-Edebiyat Fakültesi Sosyoloji Bölümünden mezun oldu.

Boğaziçi Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsünde yüksek lisansını tamamlayan Çetinkaya, halen aynı Üniversitede uluslararası finans/ekonomi-politika alanında doktora tez çalışmasını sürdürüyor.
Bankacılık hayatına Albaraka Türk Katılım Bankasında başlayan Çetinkaya, uluslararası bankacılık ve hazine alanlarında çeşitli görevlerde bulundu.

2003 yılından itibaren kariyerine Türkiye Halk Bankasında devam eden Çetinkaya, Uluslararası Bankacılık ve Yapılandırılmış Finansman Daire Başkanı ve sonrasında Uluslararası Bankacılık ve Yatırımcı İlişkilerinden Sorumlu Genel Müdür Yardımcısı olarak görev yaptı. Bu dönemde aralarında Halk Yatırım Menkul Değerler A.Ş.’nin de bulunduğu Bankanın çeşitli iştiraklerinde, Yönetim Kurulu Üyesi olarak da görev aldı.

Çetinkaya 2008 yılından, Başkan Yardımcılığına atandığı tarihe kadar, Kuveyt Türk Katılım Bankası A.Ş.’de Hazine, Uluslararası Bankacılık ve Yatırım Bankacılığından Sorumlu Genel Müdür Yardımcısı olarak görev yaptı.
Murat Çetinkaya, 29 Haziran 2012 tarihinden itibaren Türkiye Cumhuriyet Merkez Bankası Başkan Yardımcısı olarak görev yapıyor.